Wadami ryczałtu są: brak możliwości zaliczenia wydatków w koszty uzyskania przychodów, ryczałt jest niekiedy za wysoki w stosunku do uzyskiwanych marż, w trakcie trwania roku podatkowego nie można się zrzec ryczałtu (ale jeśli wykona się czynność, która nie może być opodatkowana w sposób zryczałtowany - traci się prawo do opodatkowania w tej formie).