Wadami rozliczania się wg zasad ogólnych są: konieczność gromadzenia wszystkich dokumentów księgowych, opisywania ich i sprawdzania pod względem formalnym, konieczność dokumentowania praktycznie wszystkich wydatków rachunkami - w przeciwnym razie nie zostaną zaliczone do kosztów uzyskania przychodów, konieczność bieżącego sprawdzania poprawności wszystkich zapisów - nieprawidłowo prowadzona księga przychodów i rozchodów grozi uznaniem jej przez organy kontrolne za prowadzoną w sposób nierzetelny i/lub wadliwy - co na ogół skutkuje określonymi sankcjami.